Στο σημείο όπου είναι χτισμένη η μονή της Αγίας Τριάδος των Τζαγκαρόλων υπήρχε παλαιότερα άλλη μικρότερη μονή. Το 1611 οι βενετσιάνικες αρχές των Χανίων ανέθεσαν στον ιερομόναχο Ιερεμία Τζαγκαρόλο (που καταγόταν από ενετοκρητική οικογένεια με επιρροή σε όλους τους Χριστιανούς της περιοχής, τόσο στους Ορθόδοξους όσο και στους Καθολικούς) την ανασυγκρότησή της. Ο Ιερεμίας Τζαγκαρόλος αποφάσισε να κατασκευάσει στο σημείο ένα μεγαλύτερο μοναστηριακό συγκρότημα, τα σχέδια του οποίου έκανε ο ίδιος.
Κατά την επανάσταση του 1821 η μονή κάηκε από τους Οθωμανούς και έτσι καταστράφηκαν και πολλά κειμήλια που βρίσκονταν σε αυτή. Εννιά χρόνια αργότερα οι Οθωμανικές αρχές έδωσαν άδεια για την ολοκλήρωση του ναού της μονής στους μοναχούς Καλλιόπιο και Γρηγόριο.
Κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου η μονή χρησιμοποιήθηκε αρχικά από τους Έλληνες για αποθήκευση εφοδίων και αργότερα, μετά την κατάληψη της Κρήτης από τα γερμανικά στρατεύματα, οι Γερμανοί εγκατέστησαν εκεί, το 1942, τη Σχολή του Αντιεροπορικού Πυροβολικού και το 1944 150 με 200 στρατιώτες.
Δείτε εναέρια πλάνα από την ιστορική Μονή στο ταξιδιωτικό κανάλι Point Of View GR:
ΔΙΑΒΑΣΤΕ ΕΠΙΣΗΣ:
Αγία Τριάδα Τζαγκαρόλων: Στο επίκεντρο η «ανάπτυξη» του θρησκευτικού τουρισμού
Έπεσαν οι υπογραφές για την προστασίας της ιστορικής Μονής στην Κρήτη
Λευκός Πύργος: Το σήμα κατατεθέν της Θεσσαλονίκης - Υπέροχα εναέρια πλάνα (βίντεο)